Ernst Huber wurde am 15. Juli 1895 in Wien geboren. Huber übte 1910 bis 1914 seinen erlernten Beruf als Schriftsetzer aus und arbeitete 1915 als Lithograph. Zur selben Zeit nahm er auch an einem Abendkurs für ornamentales Zeichnen an der Kunstgewerbeschule des k. k. Österreichischen Museums für Kunst und Industrie bei Otto Prutscher und Karl Witzmann teil.

Von 1915 bis 1919 diente er im Ersten Weltkrieg. Danach wurde Huber künstlerischer Mitarbeiter der Buch-, Kunst- und Steindruckerei F. Rollinger, für die er unter anderem Kassetten und Bucheinbände schuf.

Als Maler war Huber Autodidakt. Seine ersten Bilder stellte er im Herbst 1919 in der Kunstgemeinschaft Wien im Palmenhaus im Burggarten aus, wo sie Josef Hoffmann auffielen, der Huber schließlich in die Künstlergruppe der Kunstschau brachte. Bereits ein Jahr später war Huber an der Kunstschau beteiligt. Im Jahre 1930 wurde Huber Mitglied der Wiener Secession.

1928 verbrachte er gemeinsam mit seiner Frau Leopoldine, Josef Dobrowsky und Sergius Pauser den Sommer bei Franz von Zülow in Hirschbach in Oberösterreich. Dieser vermittelte ihm zur selben Zeit auch Arbeitsaufträge in der Schleiss Keramik in Gmunden. Ab 1930 veranstalteten die vier Künstler regelmäßig Verkaufsausstellungen im Atelier von Sergius Pauser. 1932 besuchte Huber mit seiner Frau das Ehepaar Kitt erstmals in Zinkenbach. Im Jahre 1935 erhielt er den Österreichischen Staatspreis für Aquarellkunst, zwei Jahre später den Ehrenpreis der Stadt Wien.

1942 übersiedelte Ernst Huber nach Wagrain in die Nachbarschaft von Karl Heinrich Waggerl und blieb dort bis 1956. Im Jahre 1949 wurde ihm der Professorentitel verliehen. 1952 folgte der Ehrenpreis für Malerei des Kunstvereins Salzburg.
In Hubers Werk stehen Landschaftsbilder im Vordergrund, sowohl aus Österreich als auch aus den Orten seiner Reisen, die ihn unter anderem nach Dalmatien, Tunesien, Südamerika und in die USA führten.

Ernst Huber starb am 26. September 1960 in Wien.